La începutul secolului XXI, economia japoneză trecea printr-o perioadă de schimbare și modernizare. Bursele de la Hiroshima și Niigata, doi jucători importanți pe piața financiară japoneză, au luat o decizie strategică de fuziune. La 1 martie 2000, acest moment istoric a fost marcat de crearea TSE (Tokyo Stock Exchange), unind bursele celor două orașe.
Pentru a-și consolida poziția pe piața globală și pentru a îmbunătăți accesul la cea mai recentă tehnologie, Bursa de Valori din Tokyo a lansat TSE ARROWS, un sistem electronic de tranzacționare de ultimă generație, pe 9 mai 2000.
În anul următor, la 10 septembrie 2001, a fost lansată piața J-REIT (Japanese Real Estate Investment Trust), făcând posibilă investițiile imobiliare prin intermediul bursei.
La 1 noiembrie 2001, Bursa de Valori din Tokyo a fost supusă demutualizării și a devenit cunoscută sub numele de Bursa de Valori Tokyo, Inc. Acest lucru a contribuit la îmbunătățirea transparenței și eficienței operațiunilor sale.
La 14 ianuarie 2003, Japan Securities Clearing Corporation a început operațiunile, ceea ce a sporit securitatea și fiabilitatea operațiunilor de compensare.
În august 2007 a fost creată Tokyo Stock Exchange Group, Inc., care a reunit diverse componente ale pieței financiare și a oferit o abordare mai integrată a infrastructurii financiare.
La 17 octombrie 2007, au fost stabilite Regulamentele Bursei de Valori din Tokyo, care au contribuit la stabilirea unor standarde și reglementări mai stricte pe piață.
La 1 noiembrie 2007, după reorganizare și redenumire, Bursa de Valori din Tokyo și-a început activitatea, respectând noile standarde și reguli.
În iunie 2009, ca parte a unui joint venture cu Bursa de Valori din Londra, a fost lansată o piață de valori pentru investitori profesioniști, TOKYO AIM. Ulterior, în mai 2011, compania și-a extins operațiunile și a creat piața TOKYO PRO-BOND, care a oferit investitorilor profesioniști oportunitatea de a investi în obligațiuni.
Pe 4 ianuarie 2010, a fost introdus un nou sistem de tranzacționare cu acțiuni și valori mobiliare numit „arrowhead”, care a crescut eficiența și viteza tranzacționării.
La 1 iulie 2012, Bursa de Valori din Tokyo a absorbit TOKYO AIM, Inc. ca urmare a fuziunii și a redenumit piața TOKYO AIM în TOKYO PRO Market, care și-a consolidat poziția ca una dintre cele mai importante burse de valori din lume.
Astfel, Tokyo Exchange continuă să evolueze și să se adapteze la condițiile în schimbare ale pieței financiare globale, oferind investitorilor și companiilor oportunitatea de a interacționa eficient pe scena globală.